РНИДС у својим активностима сарађује са низом домаћих и страних институција, сродних регионалних и међународних организација, државних органа, овлашћених регистара националних интернет домена и припадницима локалне интернет заједнице у Србији.
Сарадња се одвија кроз непосредну сарадњу у свакодневним активностима, учешће на стручним скуповима у земљи и иностранству и заједничким пројектима.
На међународном плану, као национални регистар интернет домена, РНИДС је члан ccNSO у оквиру ICANN-а, члан CENTR-a, APTLD-а и организација RIPE NCC и DNS-OARC. Представници РНИДС-а редовно учествују у раду стручних скупова ICANN-а и CENTR-а, а постоји и сарадња са организацијама IGF, EuroDIG, ENISA и DiploFoundation.
Са националним регистрима интернет домена из региона РНИДС има посебне облике сарадње. Регионални партнери РНИДС-а су црногорски доМЕн, македонски МАРнет, хрватски CARNet, словеначки ARNES и босанско-херцеговачки УТИЦ.
На домаћем плану, РНИДС сарађује са министарством надлежним за послове информационог друштва, РАТЕЛ-ом, Академском мрежом Србије, Канцеларијом за информационе технологије и електронску управу, Привредном комором Србије, високообразовним установама и осталим домаћим организацијама из области повезаних са Интернетом.
Конференција суоснивача РНИДС-а, на предлог Управног одбора, одлучује о приступању и иступању из чланства домаћих и међународних организација. Управни одбор одређује лица која ће представљати РНИДС приликом сарадње са другим организацијама.